InnoMatrix ikdienā strādā ar vairāk ar nekā 50 starptautiski aprobētām sociālekonomisko procesu pētniecības metodēm, kuras tiek pielietotas atkarībā no katra konkrēta pētījuma specifikas un specifiskā mērķa. 

InnoMatrix sadarbībā ar Latvijas Universitātes Biznesa, Vadības un Ekonomikas fakultāti ir izstrādājis arī četras unikālas metodoloģijas uzņēmējdarbības un sociālekonomisko procesu izpratnei:

Modelis “InnoMatrix” 

palīdz plaša patēriņa ražošanas uzņēmumiem identificēt nākotnē perspektīvākās inovācijas. Modelis sastāv no matricas tipa bāzes rādītājiem, kurus organizācija adaptējot savai nozarei var identificēt tirgū potenciāli pieprasītāko jaunu produktu vai pakalpojumu.

Modelis “InnoMatrix Industry Attractiveness Model” 

ir apvienots nozares perspektīvas un organizācijas spēcīgāko kompetenču novērtēšanas modelis ar mērķi palīdzēt organizācijai identificēt  starp vairākām šķietami līdzvērtīgām izaugsmes scenāriju izvēlēm tirgū perspektīvāko un organizācijai piemērotāko variantu. Modelis šķietami vienkāršā formā apvieno vairākus simtus detalizētu rādītāju un kristalizē konkrētajai organizācijai piemērotāko.

Modelis “InnoMatrix Iceberg” 

ir uzlabots konkurences priekšrocību attīstības modelis, ar kuru saskaņā organizācijas var efektīvi noteikt savas unikālās konkurences priekšrocības.

Modelis “InnoMatrix NPD Project Management” 

ir uzlabots un efektīvs inovāciju izstrādes procesa vadības modelis organizācijām ar mērķi nodrošināt ātru un efektīvu inovāciju izstrādes vadības procesu. Modelis tika radīts 2012. gadā un astoņu gadu laikā ir aprobēts vairāk nekā 100 dažādu inovāciju izstrādē no 1 – 10 tehniskās gatavības līmeņiem.